Diakonhjemmet sykehus er et ideelt aksjeselskap, heleid av Diakonhjemmet, en stiftelse innen Den norske kirke. Sykehuset har driftsavtale med Helse Sør-Øst RHF.
Styret består av styreleder og syv medlemmer. Styreleder er forstander/administrerende direktør ved stiftelsen Diakonhjemmet. Tre av styremedlemmene oppnevnes av stiftelsens hovedstyre, og tre er ansattrepresentanter.